एनएचएसआरसीएल को भारत सरकार, महाराष्ट्र सरकार और गुजरात सरकार द्वारा क्रमशः 50:25:25 के अनुपात में इक्विटी भागीदारी के साथ एक संयुक्त उद्यम कंपनी के रूप में स्थापित किया गया है।
कंपनी का प्रबंधन उसके निदेशक मंडल (BoD) द्वारा किया जाता है, जिसमें कार्यात्मक निदेशक और सरकारी नामित निदेशक शामिल होते हैं। निदेशक मंडल कंपनी का सर्वोच्च निर्णय लेने वाला निकाय है, जिसे कंपनी अधिनियम तथा कंपनी के ज्ञापन और उपविधियों के अधीन कंपनी द्वारा अधिकृत सभी शक्तियों का प्रयोग करने और सभी कार्य करने का अधिकार है।
बोर्ड की मुख्य न्यासीय (फिड्यूशियरी) जिम्मेदारी शेयरधारकों के मूल्य की सुरक्षा और वृद्धि सुनिश्चित करना है। बोर्ड यह सुनिश्चित करता है कि कंपनी के कार्यों का प्रबंधन सभी हितधारकों, जिसमें समाज भी शामिल है, की अपेक्षाओं की पूर्ति की दिशा में हो।
कंपनी का दैनिक प्रबंधन प्रबंध निदेशक (MD) के पास निहित है, जिन्हें वर्तमान में छह कार्यात्मक निदेशकों का समर्थन प्राप्त है, जैसे – निदेशक (परियोजनाएँ), निदेशक (वित्त), निदेशक (रोलिंग स्टॉक), निदेशक (विद्युत एवं सिस्टम), निदेशक (निर्माण कार्य) और निदेशक (परिवहन, सुरक्षा एवं विपणन)। सभी कार्यात्मक निदेशक निदेशक मंडल के प्रति उत्तरदायी हैं।
प्रबंध निदेशक को कंपनी अधिनियम और कंपनी के उपविधियों के अनुच्छेद 154 के अधीन निदेशक मंडल द्वारा प्रदत्त शक्तियाँ सौंपी गई हैं। प्रबंध निदेशक को यह अधिकार है कि वे अपनी शक्तियों को किसी भी कार्यात्मक निदेशक/अधिकारी या कर्मचारी को उप-प्रत्यायोजित कर सकते हैं।